Patrick Kenzie (Casey Affleck) e Angie Gennaro (Michelle Monaghan) sono due investigatori di Boston, che vengono contattati dai McCready, una famiglia abbastanza povera, con trascorsi di alcool e droga, perché la nipotina Amanda, di quattro anni, è stata rapita (o per lo meno così pensa la polizia) e c’è bisogno di qualcuno che conosca luoghi e persone del posto, per sostenere le forze dell’ordine, che brancolano nel buio.
La coppia si mette subito in azione per scoprire la verità sulla scomparsa della giovane bambina, affiancando il detective Remy Bressant (Ed Harris) e il capitano della polizia Jack Doyle (Morgan Freeman), ma più le indagini proseguono, più capiscono che tutti, dalla madre tossicomane ad alcuni agenti di polizia, mentono. Per questo, anche quando nella prima parte della seconda metà del film, il caso sembra risolto, Patrick Kenzie non si accontenta di credere a ciò che vede e continua ad indagare, scoprendo segreti, che non devono venire a galla.
Con Gone Baby Gone, Ben Affleck passa dall’altra parte della barricata e dirige un thriller crudo, ricco di colpi di scena (che alla lunga diventano consuetudine e perdono mordente), togliendo la classica patinatura hollywoodiana, per calarsi nella realtà del quartiere povero di Dorchester, a Boston.