Ieri sera è andata in onda la prima puntata di Io e mio figlio-Nuove storie per il commissario Vivaldi. Un piccolo spacciatore è entrato nella casa dell’ex compagna ed ha preso in ostaggio la baby sitter. La polizia è allertata ed arriva il commissario Vivaldi (Lando Buzzanca) in persona ad occuparsi della situazione.
Vivaldi entra in casa per sostituirsi all’ostaggio e dopo aver liberato la baby sitter, approfittando della distrazione del rapinatore, lo disarma e l’arresta. Stefano (Giovanni Scifoni) si lamenta con il padre Vivaldi per non avergli permesso di intervenire per fermare il rapitore. Tra i due, il rapporto non sembra essere dei migliori.Vivaldi è nella scena di una presunta scomparsa. Il figlio Davide ha denunciato l’assenza dei propri genitori da ben 5 giorni. Viene perquisita la villa in cui i due vivevano da cima a fondo. Il commissario rinviene delle macchie di sangue sotto il tavolo. Viene interrogato Davide, il quale spiega che Giacomo Patruno, l’uomo scomparso insieme alla madre non era suo padre. Vengono interrogati anche gli amici più intimi di Franca Orlandi e Giacomo, ma senza alcun risultato.
Il commissario è convinto che Davide sia implicato nella scomparsa della coppia e ritorna a parlare con il ragazzoper chiedergli dove si trovasse la mattina della scomparsa della coppia. Il ragazzo sostiene di aver litigato tutta la notte con la sua compagna perchè lo ha mollato.
Il commissario Vivaldi va a fare una mostra d’arte con la sua ex moglie Laura (Caterina Vertova) con cui c’è stato un riavvicinamento. I due trascorrono la notte insieme e Federico le chiede di tornare a vivere nuovamente insieme, ma la donna è restia e rifiuta la sua proposta. La donna gli chiede anche chiarimenti sul suo rapporto con il figlio Stefano, il quale le ha confessato di vedere da parte del padre una sorta di ostilità nei suoi confronti solo perchè omosessuale.
Federico risponde che il suo atteggiamento nei confronti del figlio è dettato dal fatto che possa morire durante il lavoroome già in precedenza è accaduto). Viene ritrovato in auto un uomo senza vita. IL suo nome è Paolo Sangermano, docente universitario. L’uomo è stato avvistato da Federico durante quella mostra a cui ha partecipato con Laura. E’ morto probabilmente in seguito ad un infarto mentre si appartava con una prostituta.
Un dottore di banca parlando con il commissario, gli spiega che Franca (la donna scomparsaa) aveva prelevato (alcuni giorni prima della scomparsa) dal conto circa 246 mila euro. Stefano e Monica (Alessandra Celi) chiedono informazioni sulla coppia di amici, i quali erano consapevoli del prelevamento della somma usati esclusivamente per aiutare chi ne ha bisogno.
Viene interrogata Ida, l’ex fidanzata di Davide, che conferma l’alibi del ragazzo. Federico parla con l’amico Salvatore (Luigi Maria Burruano) del caso del professore universitario morto, ma l’uomo non se la sente. Laura fa la conoscenza di un bell’uomo, un certo Giulio Maria Zorzi (Alberto Molinari) che fa di tutto per corteggiarla.
L’indagine conferma che il sangue sotto il tavolo è quello di Giacomo Patruno. Il commissario incontra il nuovo magistrato, Flavia Conti (Daniela Poggi). I due parlano di entrambi i casi di cui Vivaldi si sta occupando. Viene ritrovato il cadavere di un uomo. Viene accusato di omicidio Davide, dal momento che è stata ritrovata la presunta arma del delitto. Il ragazzo continua a dichiararsi innocente.
Anche Federico non è convinto della sua colpevolezza. Stefano ha scoperto qualcos’altro sul caso del professore Paolo Sangermano e cerca di saperne di più controllando nello studio del padre a sua insaputa. L’agente scopre di un precedente caso di rapimento di una certa Irene Ferrer in cui era stato accusato Guido Manes.
Il poliziotto parla con il suo compagno del caso in cui suo padre e Salvatore avevano indagato molti anni fa, che aveva portato al suicidio di Guido Manes e non aveva condotto neanche al ritrovamento di Irene, all’epoca appena quindicenne. Federico Vivaldi interroga Yuri (Paolo Romio) assistente del professore Sangermano, il quale spiega che quest’ultimo era interessato a risolvere delle equazioni e che anche altri volevano saperne qualcosa in più.
Raggiunge Salvatore nella sua imbarcazione ma non riesce a trovarlo. Viene ritrovata l’auto di Franca e Giacomo con all’interno un altro cadavere carbonizzato. Viene interrogato il padre naturale di Davide. L’uomo sostiene che Franca e Giacomo avevano litigato perchè l’uomo non voleva che lei donasse i soldi ai poveri.
Vivaldi scopre che Ida e Giacomo Patruno si sentivano spesso telefonicamente. Interviene nell’indagine anche l’agente Dori (Ornella Bonaccorsi) che cerca di scoprire con chi chatta Ida. Dori appunta tutte informazioni possibili e scopre che si è collegata ad un sito che noleggia delle barche in Croazia. Federico scopre che Giacomo è in realtà vivo ed ha ucciso un barbone per sostituirsi a lui. L’uomo sta tentando la fuga in Slovenia con l’aiuto di Ida.
Stefano confessa al padre di sapere tutto e gli spiega anche che il suo caro amico Salvatore si è sentito telefonicamente con Sangermano gli ultimi giorni prima che morisse. Vivaldi non crede al figlio. Monica e Federico, che stavano pedinando Ida, scoprono che è riuscita a fuggire dalla sua abitazione. Insieme ai suoi collaboratori, il commissario insegue in barca Giacomo ed Ida. L’uomo prende in ostaggio la ragazza pur di salvarsi e fuggire, ma Stefano riesce a disarmarlo ed a catturarlo. Davide finalmente viene scagionato. E’ stato Giacomo ad uccidere la moglie Franca ed il barbone.