Mr. Magorium (Dustin Hoffman) è un uomo di 243 anni, proprietario di una bottega magica di giocattoli, che ha smesso di invecchiare a 65 anni, dopo aver comprato, in un negozio in Toscana, uno stock di scarpe. Il problema consiste nel fatto, che ormai anche l’ultimo paio si sta usurando e per questo motivo deve partire (è giunta l’ora della sua morte) dicendo addio alla sua vita, alla sua bottega e a tutte le persone che gli stanno attorno.
Molly Mahoney (Natalie Portman) è la direttrice del negozio di Mr. Magorium. Il suo sogno è di diventare una grande musicista, ma non è in grado di realizzarlo perché non crede in se stessa, ha paura di rischiare. Lei è designata ad ereditare il negozio, ma l’anima dello stabile si rifiuta di accettarla come tale perché capisce che la ragazza ha perso la sua capacità di sognare e quindi non è più in grado di portare avanti la magia.
Henry (Jason Bateman), detto il mutante ed Eric (Zach Mills) sono rispettivamente un contabile assunto da Mr. Magorium per valutare il valore dell’immobile, ligio al dove ed incapace di lasciarsi andare, e un bambino, amante dei cappelli, che non riesce a fare amicizia con i suoi coetanei, ma è capace di sognare e caparbio nell’impedire la vendita del negozio.
Questo e tanto altro ancora è Mr. Magorium e la bottega delle Meraviglie.